Analyse des polymorphismes par puces

Génomique Microarray Analyse des polymorphismes par puces

Qu'est-ce que cette prestation ?

Cette prestation est basée sur le génotypage de SNP. Cette technologie permet le génotypage du génome entier et le profilage des gènes et exons.Un large choix de puces de génotypage est disponible chez l’homme en fonction de la taille, du nombre d’échantillons, de la localisation de la variation génétique et de la fréquence allélique. Les puces Illumina au contenu standard ou personnalisé sont conçues pour interroger de 300 000 à 5 millions de locus (SNPs et indels) simultanément en formats de 4, 8 ou 24 échantillons avec un conditionnement possible de 48, 96 ou 288 échantillons. Ces puces donnent non seulement des informations sur le génotype du SNP, mais aussi sur le nombre de copie (CNV) pouvant révéler la présence d’anomalies chromosomiques. Le taux de succès de détection des génotypes est en moyenne égal ou supérieur à 98%.

Quel type d'information et de matériel sont à fournir ?

500 ng d’ADN génomique ou 1000 ng d’ADN issus de tissus en FFPE
La taille des fragments doit être supérieure ou égale à 2 Kb (photo de gel d’agarose ou profil TapeStation)
Si possible dans un volume de 20 µL
Information sur le tampon d’élution
Préparation en plaque de 96 puits avec plan de plaque associé
Pas d’échantillons présentant des risques biologiques

Quels sont les différents livrables possibles pour cette prestation ?

  • Fichiers d’intensités brutes (format .idat)
  • Rapport final des ratios de cytosine méthylées et non méthylées (format .txt)
  • Rapport du projet dans GenomeStudio (format .bsc)
  • Sample sheet correspondant à la réparation des échantillons sur les puces (format .csv)
  • Fichier de décodage des puces (format .dmap)
  • Manifeste de répartition des sondes de méthylation sur la puce (format .bmp)
  • Fichier QC correspondant aux % de sondes ayant fonctionnées (Call Rates)

Quelles sont les caractéristiques de votre projet ?

Veuillez préciser votre besoin afin que Labtoo puisse identifier les meilleurs prestataires pour votre projet.