Biobanques : des collections d’échantillons biologiques cellulaires
Les filières Cellules des biobanques
Les biobanques (ou centres de ressources biologiques) sont des structures chargées de la gestion des échantillons biologiques et de leurs données.
Ces structures rassemblent, classent et conservent des échantillons biologiques cellulaires dans des filières Cellules spécifiques.
Une filière Cellules consiste en une ou plusieurs collections de types de cellules, tels que les fibroblastes, myoblastes, amniocytes, trophoblastes, gamètes, PBMC, etc. Chaque type de cellules peut être conservé dans des milieux différents : plasma, sérum, liquide amniotique, tissus, culots cellulaires sec, en DMSO ou trizol, …
Certains établissements spécialisés dans la conservation des cellules constituent des banques de cellules.
Les cellules conservées peuvent également ne pas être d’origine humaine, donnant ainsi lieu dans certaines biobanques à des filières Microbiologie entièrement dédiées aux microorganismes. Enfin, l’extraction d’acides nucléiques (ADN, ARN) aux échantillons cellulaires conservés est également une compétence des biobanques.
Quels sont les avantages à passer par une biobanque ou banque de cellules pour des besoins en échantillons biologiques cellulaires ?
Mettre en place une collection biologique et préparer les échantillons pour un projet clinique
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Mise en place d'une collection d'échantillons biologiques
Après une biopsie, ou autre procédure visant à récupérer un échantillon humain, un prélèvement peut être conservé, avec l'accord du patient, à des fins de recherche.
Stockage d'échantillons cliniques
Les échantillons, après prélèvement, doivent être stockés sous certaines conditions, qui dépendent de leur type et de leur durée de conservation, pour permettre leur viabilité.
Comment se passe une demande d’échantillons biologiques cellulaires ?
Mettre en place une collection biologique
La première étape de la mise en place d’une collecte biologique est d’identifier le ou les partenaires ayant à la fois un accès aux patients de la maladie d’intérêt, et également la capacité technique de collecter le type d’échantillons biologiques requis.
Les biobanques vont typiquement pouvoir répondre individuellement à certaines demandes, et collectivement à des demandes nécessitant des compétences ou des ressources dont ils ne disposent pas. Cela est d’autant plus vrai si celle-ci est spécialisée selon un type précis d’échantillons biologiques (banque de cellules, tumorothèque, sérothèque, etc) ou selon ses capacités de conservation (FFPE tissues, congelés, dans l’azote, etc.).
Puisqu’il s’agit de matériel cellulaire, la demande doit être motivée, claire, et inscrite dans un projet qui pourra être communiqué à la biobanque. Les informations requises concernent en général la nature du projet dans laquelle la collection doit être montée, le nombre et types d’échantillons biologiques souhaités, le traitement et la préparation des échantillons souhaités pour l’analyse, etc.
La biobanque peut se prononcer en faveur ou en défaveur du montage de projet ; les dossiers étant soumis à un comité scientifique, qui doit donner son accord avant d’avancer sur le projet.
Si le projet continue, une étude de faisabilité est réalisée afin de déterminer si la biobanque possède les capacités techniques pour la demande. Une estimation financière, ainsi que la rédaction d’un contrat sont réalisées par la biobanque afin de finaliser l’agrément entre les parties. Enfin, la biobanque met en place le mode opératoire interne de collecte, réception, stockage et préparation jusqu’à leur prise en charge.
Accéder à une collection pré-existante – mise à disposition
Types de prestataires
Deux catégories majeures de biobanques :
Les structures hospitalo-universitaires
La majeure partie des CRB et biobanques est rattachée à un organisme publique hospitalier, ce qui lui donne accès à des médecins cliniciens et un permet la collecte auprès de patients.
Les sociétés de service
Certaines sociétés de service privées peuvent mettre à disposition des collections biologiques constituées lors de projets internes, ou organiser des collectes d’échantillons dans le cadre de projets cliniques.
Les deux types de prestataires diffèrent principalement selon leur nature publique ou privée, et peuvent tout se spécialiser en banque de cellules, tumorothèque ou autre aussi bien l’une que l’autre.
Les technologies utilisées
Extracteurs automatiques d’ADN et d’ARN
Conservation environnement froid : congélateurs -20°C, -80°C et cuve Azote liquide -180°C
Système informatique de gestion des données anonymisées
Tarifs estimés pour ce type de prestation
Mise en place d’une collection : 5 000 € à 15 000 €
Le prix d’un échantillon est fonction de la préparation requise (type de cellule, frais, extraits d’acides nucléiques), de l’organe d’origine, de la quantité souhaitée et des informations cliniques associées au patient, et peuvent varier de 200 € à 2 000 € environ.
