Prestations en Sequençage, Expression & Edition

 

Labtoo est la Place de marché européenne intelligente de la R&D en Sciences de la Vie.

Sur Labtoo, vous pouvez trouver les meilleurs Experts en Sequençage (RNA-seq, NGS, WES, Sanger), Expression (qPCR, ddPCR) et Edition (CRISPR/Cas9), aisni que de la production virale, issus de laboratoires publics ou privés. Labtoo vous simplifie la vie en permettant de contractualiser facilement, rapidement grâce à notre système d'assistant intelligent.

Labtoo référence des Plateformes, des laboratoires et des prestataires privés ou publics en Sequençage, Expression et Edition de génômes.

COMMANDEZ UNE PRESTATION EN séquençage, expression & edition

Edition de Génomes

CRISPR/Cas9 Préparation de Vecteurs & Edition de Lignées​

  CISPR/Cas9 Préparation de vecteurs et édition de lignées    

La méthode CRISPR/Cas9 est un outil puissant pour l'édition de génome. Elle requiert la construction d'un vecteur d'ADN qui code à la fois pour la protéine Cas9 et un ARN spécifique cible appelé crRNA (ou parfois single-guide RNA quand combiné à une autre séquence). Cet ARN doit se fixer uniquement à l'endroit où l'édition doit avoir lieu.
Dans cette expérience, l'Expert construit le vecteur qui permettra l'édition de la séquence cible.

Edition de Génomes (Lignées Mammifères)​

Edition de génomes (lignées mammifères)    

La méthode CRISPR/Cas9 est un outil puissant pour l'édition de génome. En utilisant un vecteur spécifique, les lignées cellulaires sont transfectées ou infectées avec un system viral pour transmettre l'ADN.
Les lignées éditées sont sélectionnées, et les modifications du génome sont séquencées pour vérification. L'édition mono-allélique ou bi-allélique peut être choisie, la cassette de sélection peut également être supprimée.

 

Edition de Génomes (Animaux)​

Edition de génomes (animaux)    

La méthode CRISPR/Cas9 est un outil puissant pour l'édition de génome. Elle permet une modification rapide et relativement peu onéreuse de génomes d'organismes tels que la souris, le rat ou le poisson zèbre.
Dans cette expérience, et en utilisant des vecteurs déjà construits, il est possible d'obtenir des animaux modifiés.

Edition de Génomes (Végétal)​

Edition de génome (végétal)    

La méthode CRISPR/Cas9 est un outil puissant pour l'édition de génome. Elle requiert la construction d'un vecteur d'ADN qui code à la fois pour la protéine Cas9 et un ARN spécifique cible appelé crRNA (ou parfois single-guide RNA quand combiné à une autre séquence).
Dans cette expérience, la méthode d'édition par CRISPR/Cas9 est appliquée à la biologie végétale et permet de créer des plasmides spécifiques et tester l'édition de gènes sur des protoplastes, jusqu'à la régénération d'une plante modifiée génétiquement.

Edition de Génomes (Microorganismes)​

Edition de génomes (micro-organismes)    

L'édition de génomes de microorganismes permet la création de clones stables, par recombinaison homologue au locus du ou des gènes à modifier. Cette ingénierie génétique permet d'ajouter (knock-in), d'enlever (knock-out) ou de modifier des gènes, selon les besoins.

Séquençage​

Labtoo propose une sélection de prestation de séquençage: RNA-Seq, Sanger, WES, WGS, etc. Les Experts Labtoo peuvent traiter de nombreux types de données: Séquençage, Analytique, Imagerie, pour permettre d'optimiser le rendement des expériences effectuées au laboratoire.

Séquençage ARNm​

Séquençage ARNm     Le séquençage d'ARNm consiste à utiliser les techniques de NGS pour déterminer les ARNm codant présents dans un échantillon.
Deux méthodes peuvent être utilisées pour séparer les ARN codants des non-codants: soit par l'hybridization des queues poly(A) en utilisant des sondes poly(T), soit en déplétant l'ARN non-codant en utilisant des oligomères complémentaires aux ARN ribosomaux.

Séquençage ARNm Cellules Isolées​

Séquençage ARNm cellules isolées L'hétérogènéité du transcriptome peut être élevé au sein d'une population de cellule. La technique de séquençage d'ARN de cellule unique (scRNA-Seq) permet d'identifier des types cellulaires rares au sein d'une population, grâce à l'utilisation du séquençage nouvelle génération.
Après isolation de cellules, scRNA-seq requiert une transcription reverse suivie d'une amplification avant séquençage.

Séquençage ARN Non-codant​

Séquençage ARN non-codant    

Les ARN non-codants (ncRNA) sont un type d'ARN qui ne sont pas traduits en protéine. Ils peuvent être impliqués dans de multiples processus cellulaires, tels que la traduction (ARNr et ARNt), les modifications post-traductionnelles, la réplication de l'ADN et la régulation de l'expression des gènes.
Le séquençage des ncRNA se focalise principalement sur les miRNA (<22 nt), les small RNAs (<200 nt), et les long ARN non-codants lncRNA (>200 nt).

Transcriptome Entier​

Transcriptome entier    

Le séquençage du transcriptome entier en shotgun (WTSS) permet la détection dans un échantillon de tous les ARN, ainsi que leur séquence et leur quantité. Les applications de ce type de séquençage incluent l'analyse des modifications du transcriptome de plusieurs échantillons, les modifications post-transcriptionnelles, et la détection de mutations. Les ARNm ainsi que les ARN non-codant et ARN courts sont séquencés lors du WTSS.

Séquençage d'ARN Ciblé/Sur-mesure​

Séquençage d'ARN ciblé/Sur-mesure    

Il est possible de créer des banques pour le séquençage en enrichissant uniquement les transcrits importants pour un projet donné. Ceci peut être intéressant dans le cas où un nombre de cibles identifiées est restreint, et lorsque les échantillons sont plus difficiles.
C'est le cas également lors de l'étude de méchanismes tels que l'apoptose, le cycle cellulaire, NFkB, ou pour des maladies telles que le cancer ou les maladies neurodégénératives.

Profilage ribosomique​

Profilage ribosomique     Le profilage ribosomique, ou Ribo-seq est une technique qui permet de déterminer quels ARNm sont activement traduits dans un échantillon.
En utilisant un traitement à la ribonucléase puis une protéase, Ribo-seq va fournir la localisation exacte des ribosomes sur les ARNm, ce qui permet l'identification de sites d'initiation de la traduction et des compléments d'ORFs traduites dans les cellules, la distribution des ribosomes sur les ARNm et la charactérisation de la vitesse de traduction.

Séquençage Ciblé Sanger​

Séquençage Ciblé sanger     Le séquençage "classique" de séquences courtes et ciblées. Le séquençage Sanger permet d'obtenir une lecture claire après les premiers 15-30 bases et jusqu'à 800-1000 bases.
Cette méthode requiert l'amplification de la séquence cible en utilisant des dNTPs spécifiques, suivie d'une purification des amplicons, puis de la lecture des amplicons par un séquenceur.

Séquençage Ciblé Exome Entier WES

Séquençage Ciblé exome entier WES    

Le séquençage de l'exome entier (WGS ou WXS) est une technique qui permet le séquençage de tous les gènes exprimés dans une population de cellule.
Une étape initiale consistant en la détection d'ADN exonic est requise (région du génome qui code pour des protéines), suivie d'un séquençage d'ADN à haut-débit.

Séquençage Génome Entier WG

Séquençage génome Entier WG    

Le séquençage entier d'un génome est le processus de determination de la séquence d'ADN complète d'un organisme donné et à un moment donné. Cela inclut l'ADN chromosomal, mitochondrial et des chloroplastes, si applicable.
Vous serez en mesure de sélectionner dans cette expérience l'ensemble ou une partie du processus: extraction, préparation de la banque, séquençage, collecte des données brutes et analyses.
Cette expérience peut se faire sur cellules uniques si isolées au préalable.

 

Séquençage ChIP (Chromatin-IP)​

Séquençage ChIP (Chromatin-IP)     Le séquençage des ChIP combine une immunoprécipitation de la chromatine et un séquençage pour identifier les sites de liaison des protéines liées à l'ADN.
L'information épigénétique qui en résulte peut alors être corrélée à des observation phénotypiques.

Séquençage de Virome & Microbiome

Séquençage de Virome et microbiome    

La métagénomique est l'étude du materiel génétique récupéré directement d'un environnement complexe, tel que les systèmes digestifs, les sols, les océans, etc…
Les échantillons sont typiquement filtrés, l'ADN est extrait, une banque est créée et les clones sont séquencés. L'intégration des données est une étape critique qui requiert des outils puissants pour faire face à la quantité de données.

Expression de Gènes

qPCR avec marqueur d'ADN fluorescent

qPCR avec marqueur d'ADN fluorescent    

La PCR quantitative (qPCR) avec marqueur d'ADN fluorescent est une technique puissante qui combine l'amplification d'un fragment d'ADN par PCR avec la détection de fluorescence dans chaque tube.
Plus il y a d'amplification d'ADN dans le tube, plus le marqueur va se fixer à l'ADN et devenir fluorescent, et plus le signal fluorescent sera fort, ce qui permettra la quantification relative spécifique du fragment d'ADN cible dans l'échantillon.

qPCR avec sondes​

qPCR avec sondes    

La PCR quantitative (qPCR) avec sondes fluorescentes est une technique puissante qui combine l'amplification d'un fragment d'ADN par PCR avec la détection de fluorescence dans chaque tube.
Pour cette expérience, une ou plusieurs sondes sont utilisées lors de la même amplification, ce qui permet la quantification simultanée de plusieurs fragments d'ADN dans le même échantillon.

PCR Digitale (dPCR)​

PCR digitale (dPCR)    

La PCR digitale (dPCR or ddPCR) est une technique qui sépare la réaction d'amplification d'un fragment d'ADN cible en un large nombre de petites réactions indépendantes.
La présence d'ADN cible dans chacune des réactions est déterminée en mesurant l'amplification par PCR, et la quantité d'ADN initiale est calculée par méthode statistique.

 

Extraction d'Acides Nucléiques​

Extraction d'Acides nucléiques    

L'extraction et la purification d'ARN de haute qualité à partir d'échantillons est la première étape critique lorsque l'on utilise des techniques moléculaires telles que la PCR quantitative, le séquençage next-gen ou la construction de banque de cDNA.
La prestation d'extraction d'ADN inclut la réception des échantillons (sang ou issus de cellules en culture) afin d'en extraire l'ADN.
Dans cette expérience, l'acide nucléique est purifié, son intégrité est testée afin de garantir son utilisation pour des expériences suivantes.

Production Virale​

Production de Lentivirus & Retrovirus

Production de lentivirus et rétrovirus    

Production et titration de particules virales de type retrovirales ou lentivirales à partir d'un vecteur d'expression ou d'une préparation virale précédente.
La vérification et la titration de la production se fait par qPCR et/ou par FACS.

Production d'Adenovirus

Production d'adenovirus     Production et titration de particules virales de type adénovirales à partir d'un vecteur d'expression ou d'une préparation virale précédente.

Production de Adeno-Associated Virus (AAV)

Production d'adeno-associated virus (AAV)    

Production et titration de particules virales de type adéno-associées virales (AAV) à partir d'un vecteur d'expression ou d'une préparation virale précédente.

Microarray

Microarray ADN & ARN

Microarray ADN et ARN    

Un microarray est constitué de multiples types de fragments d'ADN ou d'ARN liés à différents endroits d'une surface solide. Ces fragments sont exposés à des échantillons d'ADNc ou d'ARN, et l'hybridisation est mesurée par fluorescence ou chemiluminescence.

Microarray microARN

Microarray microARN    

Les microarray de micro ARN sont un type de microarray spécifique qui permet d'étudier la présence d'un large panel de miARN dans un échantillon. Cela fournit des informations quantitatives sur le niveau d'expression des miARN cibles.

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Franz D     e-Zyvec     Jérôme R
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