Protéomique

La protéomique est l’étude de l’ensemble des protéines d’un organisme, d’un organe, d’une cellule et même d’un compartiment cellulaire. Les protéines sont le résultat direct de l’expression du génome, ainsi, deux organismes d’apparences totalement différentes peuvent posséder un génome très similaire. Ce sont les protéines qui les différencient et leurs confèrent des caractéristiques spécifiques.

Détection

Il existe plusieurs techniques pour détecter la présence de protéines spécifiques dans un échantillon. Les plus fréquentes sont les techniques d’immunodétection, qui s’appuient sur l’affinité d’un anticorps pour son antigène spécifique. Ainsi, un test utilisant un anticorps dirigé contre une protéine indiquera la présence ou l’absence de cette protéine. C’est le cas, par exemple, des techniques ELISA ou Western blot.

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Identification

Il existe dans les cellules et sécrétées une grande variété de protéines constamment synthétisées, modifiées et dégradées. Cette diversité contribue aux mécanismes complexes qui ont lieu de façon intra et extracellulaires. L’identification des protéines présentes dans un échantillons sont donc une des clés pour comprendre le fonctionnement des cellules.

Pour cela, différentes méthodes analytiques telles que le MALDI-ToF ou la LC-MS/MS qui combine chromatographie et spectrométrie de masse permettent d’identifier des protéines en présence et de caractériser leurs états de phosphorylation ou d’ubiquitination.

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Marquage

La conjugaison de protéines ou peptides avec des marqueurs est très utile pour la détection ainsi que pour l’étude de structure et des interactions avec d’autres molécules. Par exemple, les marqueurs peuvent être fluorescent pour une analyse en imagerie, ou peuvent être effectués pour produire des conjugués médicaments-anticorps (ADC)

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Quantification

Les analyses protéomiques quantitatives permettent de déterminer la quantité d’une protéine donnée dans un échantillon. Des techniques immunochimiques peuvent être utilisées, telles que la méthode ELISA ou le Western Blot. Des techniques analytiques telles que la spectrométrie de masse quantitative (mesure de la masse) ou le microarray (mesure d’interaction avec d’autres molécules comme des peptides) sont aussi possibles.

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Structure

La structure tridimensionnelle d’une protéine a un lien direct sur sa fonction, c’est pourquoi les analyses structurales des protéines sont importantes. Une des méthodes couramment utilisées pour déterminer la structure tridimensionnelle de protéines est l’analyse par rayons X de cristaux protéiques. Cette méthode donne des informations très précise sur la structure des protéines.

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