Séquençage du Génome et Exome

 

Séquençage nouvelle génération - séquençage de Sanger

 

Labtoo propose une sélection de prestations de séquençage: RNA-Seq, Séquençage de Sanger, WES, WGS, séquençage nouvelle génération (NGS) réalisés par des prestataires, entreprises ou plateformes.

Le séquençage d’ADN consiste à déterminer l’ordre des bases de nucléotides afin de connaître la séquence de la protéine correspondante, ou de comprendre la fonction de ce fragment d’ADN. Il existe plusieurs techniques de séquençage et il est possible de séquencer, en plus de l’ADN, l’ARN (messager, non codant, ..), le transcriptome, …

 

 

Séquençage d’ARN

Le séquençage d'ARNm consiste à utiliser les techniques de NGS pour déterminer les ARNm codants présents dans un échantillon. Deux méthodes peuvent être utilisées pour séparer les ARN codants des non-codants: soit par l'hybridation des queues poly(A) en utilisant des sondes poly(T), soit en déplétant l'ARN non-codant en utilisant des oligomères complémentaires aux ARN ribosomaux. Par ailleurs il peut également être intéressant de séquencer les ARN non codants (ncRNA), le séquençage des ncRNA se focalise principalement sur les miRNA (<22 nt), les small RNAs (<200 nt), et les long ARN non-codants lncRNA (>200 nt).

L'hétérogènéité du transcriptome au sein d’une population de cellules pouvant être importante, la technique de séquençage d'ARN de cellule unique (scRNA-Seq) permet d'identifier des types cellulaires rares au sein d'une population, grâce à l'utilisation du séquençage nouvelle génération.

Vous avez également la possibilité de séquencer le transcriptome en entier grâce à la technique du séquençage en shotgun (WTSS) ou de réaliser un profilage ribosomique, ou Ribo-seq qui est une technique permettant de déterminer quels ARNm sont activement traduits dans un échantillon.

 

Autres techniques de séquençage

Une technique bien connue : Le séquençage Sanger qui permet d'obtenir une lecture claire après les premières 15-30 bases et jusqu'à 800-1000 bases. Cette technique s’applique sur des séquences courtes et ciblées. Cependant il est possible de réaliser le séquençage entier d’un génome grâce à la technique du WGS. Vous avez la possibilité de réaliser le séquençage de l'exome entier (WGS ou WXS), celle-ci permet le séquençage de tous les gènes exprimés dans une population de cellule.

Les séquençages peuvent se faire sur du matériel génétique récupéré directement d'un environnement complexe, tel que les systèmes digestifs, les sols, les océans, etc… permettant ainsi de faire de la métagénomique.

Le séquençage peut également être utilisé pour identifier les sites de liaison des protéines liées à l'ADN grâce à la technique du séquençage ChIP.

 

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