Séquençage de nouvelle génération : Qu'est-ce que c'est et quand l'utiliser ?
le 2 déc 2019, par l'équipe Labtoo
L’avènement des techniques de séquençage à haut débit a révolutionné la génomique fonctionnelle. Ces techniques devenues performantes se démocratisent de plus en plus et permettent une grande avancée en matière de recherche.
C'est quoi exactement ?
Le terme de NGS (Next Generation Sequencing), également connu sous le nom de "séquençage à haut débit" désigne les différentes technologies de séquençage parmi lesquelles on peut citer :
- Illumina sequencing (la plus utilisée actuellement)
- Roche 454
- Ion torrent
- SOLiD
- Helicos BioSciences
Ces technologies permettent de séquencer l'ADN ou l'ARN beaucoup plus rapidement que la très connue technique de Sanger.
Et comment ça marche ?
Trois étapes sont communes à ces technologies :
La préparation de banques
Les banques sont créées en utilisant une fragmentation aléatoire de l'ADN suivie de la liaison avec des petites séquences spécifiques
L'amplification
La banque est amplifiée grâce à des méthodes d'amplification clonale et de PCR
Le séquençage
L'ADN est séquencé en utilisant différentes approches en fonction de la technologie utilisée
Quelles sont les applications ?
En réalité, elles sont nombreuses, cependant, voici quelques exemple d'applications: Etant une technologie hautement évolutive, la technologie NGS peut être utilisée pour du séquençage de génomes encore non référencés (Séquençage de novo), du re-séquençage de génomes référencés, afin de trouver de nouveaux variants génétiques, de l'analyse de transcrits (RNA-Seq), de l'identification de mutations ponctuelles (SNPs), d'insertions ou de délétions de fragments d'ADN, etc