Cette prestation a pour but de mesurer après conversion au bisulfite, les niveaux de méthylation des sites CpG répartis sur l’ensemble du génome par génotypage quantitative par la technique des puces Illumina Infinium Methylation EPIC (850K).
Le nombre d’échantillons analysés en parallèle sur la puce est de 8 échantillons avec un conditionnement possible de 16, 32 ou 96 échantillons.
Cette analyse peut être réalisée à partir d’ADNs génomiques ou bien d’ADNs provenant de blocs de paraffine (FFPE).
Matériel et information requis
Echantillons
Information sur les tampons
Des précisions sur le projet peuvent être demandées.
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Livrables possibles pour cette prestation
Fichiers d’intensités brutes (format .idat)
Rapport final des ratios de cytosine méthylées et non méthylées (format .txt)
Rapport du projet dans GenomeStudio (format .bsc)
Sample sheet correspondant à la réparation des échantillons sur les puces (format .csv)
Fichier de décodage des puces (format .dmap)
Manifeste de répartition des sondes de méthylation sur la puce (format .bmp)
Fichier QC correspondant aux % de sondes CpG détectées avec une P-value à 1% et 5%
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