Analyse de la méthylation par puce

Génomique Microarray Analyse de la méthylation par puce

Qu'est-ce que cette prestation ?

Cette prestation a pour but de mesurer après conversion au bisulfite, les niveaux de méthylation des sites CpG répartis sur l’ensemble du génome par génotypage quantitative par la technique des puces Illumina Infinium Methylation EPIC (850K). Le nombre d’échantillons analysés en parallèle sur la puce est de 8 échantillons avec un conditionnement possible de 16, 32 ou 96 échantillons. Cette analyse peut être réalisée à partir d’ADNs génomiques ou bien d’ADNs provenant de blocs de paraffine (FFPE).

Quel type d'information et de matériel sont à fournir ?

1000 ng d’ d’ADN génomique ou 2000 ng d’ADN issus de tissus en FFPE
La taille des fragments doit être supérieure ou égale à 2 Kb (photo de gel d’agarose ou profil TapeStation)
Si possible dans un volume de 20 µL
Information sur le tampon d’élution
Préparation en plaque de 96 puits avec plan de plaque associé
Pas d’échantillons présentant des risques biologiques

Quels sont les différents livrables possibles pour cette prestation ?

  • Fichiers d’intensités brutes (format .idat)
  • Rapport final des ratios de cytosine méthylées et non méthylées (format .txt)
  • Rapport du projet dans GenomeStudio (format .bsc)
  • Sample sheet correspondant à la réparation des échantillons sur les puces (format .csv)
  • Fichier de décodage des puces (format .dmap)
  • Manifeste de répartition des sondes de méthylation sur la puce (format .bmp)
  • Fichier QC correspondant aux % de sondes CpG détectées avec une P-value à 1% et 5%

Quelles sont les caractéristiques de votre projet ?

Veuillez préciser votre besoin afin que Labtoo puisse identifier les meilleurs prestataires pour votre projet.