L'épitope mapping est une technique visant à identifier le site de fixation (épitope) d'un anticorps sur sa cible.
Ceci est à la fois important pour comprendre le mécanisme d’action (MoA) de l’anticorps et pour protéger (brevet) l’anticorps. Le site de fixation peut être linéaire (composé d'un ensemble linéaire d'acides aminés) ou comme dans plus de 90 % des cas être discontinu/conformationnel.
Cela implique que des résidus qui ne sont pas adjacents dans la séquence de la protéine, sont structurellement proches grâce à la conformation tridimensionnelle de la protéine.
Afin d’identifier l’épitope conformationnel, la technique combinant la digestion protéolique avec la spectrométrie de masse permet cette identification avec une grande sensibilité et une bonne résolution, toute en limitant la quantité de ligands et anticorps nécessaire.
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